כפר סבא שואבת את מימיה משני מאגרים תת קרקעיים: מאגר החוף אשר בו כמות המים הנשאבת בכל באר קטנה ואיכות המים הולכת ויורדת במשך השנים, ומאגר ההר אשר בורך בכמויות גדולות ובאיכות מים טובה במיוחד.
הקידוחים של מאגר החוף נמצאים בצד המערבי של העיר והקידוחים של מאגר ההר נמצאים בצד המזרחי של העיר –באיזור שכונת קפלן, שכונת הדרים וגני השרון.

מפעל המים כפר סבא משתמש במים הנשאבים ממאגר החוף לצרכים חקלאיים בלבד, ולא לאספקת מי שתייה, בגלל איכותם הנמוכה. את מי השתייה מספק המפעל אך ורק מבארות מאגר ההר, שאיכות מימיו גבוהה ביותר.

המים נחשבים מים מתוקים ביותר וכמות הכלורידים בהם היא סביב 100 מיליגרם לליטר בהשוואה לכמות כלורידים גבוהה יותר במקורות מים אחרים.